Översikt för huvudkursen i farmaceutisk bioinformatik
Kursmål
Kursen ger en introduktion till området kemobioinformatik i relation till läkemedel, omik, kemisk biologi, proteinfunktion, och biomedicin, vilket inkluderar databaser, sekvensanalys, proteiner och deras interaktioner, deskriptorer för proteiner och organiska molekyler, datamodellering inklusive QSAR och proteokemometrisk modellering, läkemedelsdesign och utveckling, samt praktisk användning av programvaror för kemobioinformatik.
Efter en framgångsrik slutförd kurs kommer du att kunna:
Förstå och beskriva hur kemobioinformatikverktyg kan användas i biomedicinsk och farmaceutisk forskning.
Använda kemobioinformatikprogram för sekvensalignering, 3D-visualisering, modellering av strukturaktivitet inklusive QSAR och proteokemometri samt
söka relevant information i biologiska och kemiska databaser.
Beräkna de kemiska egenskaperna (deskriptorer) för läkemedel och målproteiner och korrelera dessa till biologiska aktiviteter medelst kemobioinformatikmodellering.
Applicera experimentell design för att optimera utfallet av experiment; reducera kostnader och minska erforderlig experimentell insats och ändå uppnå förbättrat utfall.
Tolka och validera resultaten av ovan nämnda metoder.
Använda kostnadsfri programvara med öppen källkod för biomedicinsk forskning och läkemedelsutvveckling.
Kursinnehåll
Introduktion till farmaceutisk bioinformatik
Farmaceutisk bioinformatik - en kursöversikt
Representation av molekyler i en dator
Databaser inom farmaceutisk biovetenskap
Statistisk experimentell design
Beskrivning av molekyler med fysikaliska och kemiska deskriptorer.
Makromolekylära deskriptorer
Sekvensalignering inom bioinformatiken
Representation av 3D-strukturer
Metoder för dataanalys
QSAR och proteokemometri
Validering av modeller
Identifering av läkmedelsledsubstanser och deras optimering
Praktiska övningar
Instruktioner
Kursen består audiovisuella presentationer, skriftligt material online samt nedladdningsbara material. Varje föreläsning åtföljs av övningar/uppgifter som rättas av läraren och som sedan ger individuell återkoppling till varje elev. Kommunikation mellan deltagare och lärare sker via en webbaserad undervisningsgplattform samt via e-post. Den webbaserade plattformen används också för gruppövningar och diskussioner. Kursdeltagarna har kontakt med lärarna under hela kursen och kan ställa frågor och få förtydliganden.
Examination
Skriftlig tentamen via webbplattformen sker efter det att de obligatoriska uppgifterna som ingår i kursen har genomförts.
Kurslitteratur
Introduction to Pharmaceutical Bioinformatics, Wikberg at al., 2018, Oakleaf Academic Publishing House. Boken kan beställas här.
Övrigt material och programvara är tillgängliga för nedladdning under kursen som komplettering. |