Tillämpad farmaceutisk strukturbioinformatik

Kursen lär hur man löser praktiska problem inom läkemedelsområdet och biovetenskaperna med hjälp av strukturbaserade metoder. Om ditt intresse är kemi (inklusive läkemedelskemi) kommer du också att ha nytta av kursen.

Fokus ligger på praktiskt arbete, där du genomför övningar och löser problem med hjälp av fritt tillgängliga dataprogram och databaser.

Kursen omfattar databaser och programvara för analys av aminosyra- och nukleotidsekvenser, sekundär och tertiär struktur av proteiner, metoder och verktyg för homologimodellering av proteiners 3D-struktur, molekyldynamiksimuleringar och molekylär dockning.

Kursen omfattar specifikt följande avsnitt:

  • Introduktion till strukturbioinformatik inom läkemedelsområdet.
  • Sekvensalignering och databassökningar med praktiska övningar i parvis och multipel sekvensalignering samt arbete med sekvensdatabaser.
  • Tekniker och programvara för förutsägelse av proteinsekundärstruktur, inklusive Pfam och Prosite databaser.
  • Tekniker och metoder för förutsägelse av protein 3D-struktur: bakgrund, molekylär modellering och energiminimering. Verktyg för homologimodellering av proteiners 3D-struktur. Validering av 3D-strukturer.
  • Praktiska övningar med MODELLER-programvaran och validering av strukturer med PROCHECK.
  • Den fysikaliska grunden för molekylärdynamisk simulering.
  • Övningar i molekylärdynamisk simulering med Gromacs.
  • Molekylär dockning och läkemedelsscreening. Verktyg för datorstödd läkemedelsdesign.
  • Praktiska övningar med Autodock and Autodock Vina.
  • Behörighet*: Minst 150 högskolepoäng i kemi, biologi, biokemi, farmaci, medicin eller odontologi.

    Undervisning: På internet via en webbaserad lärplattform. Kursen ges på engelska.

    Examination: Skriftlig tentamen i slutet av kursen och godkända obligatoriska moment.

    Poäng: 5 hp vid godkänd kurs.

    Kurslitteratur: Litteratur som distribueras online under kursen samt fritt tillgängliga datorprogram som kan laddas ner från nätet och installeras på din egen dator. Boken Introduction to Pharmaceutical Bioinformatics rekommenderas också.

    Kurstarter: Kursen ges två gånger om året på halvfart över en åttaveckorsperiod för varje kurs. Kursstarter är i början av september och andra halvan av januari.

    Anmälan: Registrera dig här för ytterligare infomation.


    *Eligibility criteria applies only for individual student courses. For commissioned courses you don’t need to show credits. For further information on commissioned courses click here.

              
    Copyright © Pharmaceutical Bioinformatics (2020)