Hem   Kurser   Anmälan   Antagning   Uppdragsutbildning   Uppsala Univ.   Kontakt   Engelska   

Översikt för huvudkursen i farmaceutisk bioinformatik

Kursmål

Kursen ger en introduktion till området kemobioinformatik i relation till läkemedel, omik, kemisk biologi, proteinfunktion, och biomedicin, vilket inkluderar databaser, sekvensanalys, proteiner och deras interaktioner, deskriptorer för proteiner och organiska molekyler, datamodellering inklusive QSAR och proteokemometrisk modellering, läkemedelsdesign och utveckling, samt praktisk användning av programvaror för kemobioinformatik.

Efter en framgångsrik slutförd kurs kommer du att kunna:

  • Förstå och beskriva hur kemobioinformatikverktyg kan användas i biomedicinsk och farmaceutisk forskning.
  • Använda kemobioinformatikprogram för sekvensalignering, 3D-visualisering, modellering av strukturaktivitet inklusive QSAR och proteokemometri samt söka relevant information i biologiska och kemiska databaser.
  • Beräkna de kemiska egenskaperna (deskriptorer) för läkemedel och målproteiner och korrelera dessa till biologiska aktiviteter medelst kemobioinformatikmodellering.
  • Applicera experimentell design för att optimera utfallet av experiment; reducera kostnader och minska erforderlig experimentell insats och ändå uppnå förbättrat utfall.
  • Tolka och validera resultaten av ovan nämnda metoder.
  • Använda kostnadsfri programvara med öppen källkod för biomedicinsk forskning och läkemedelsutvveckling.

    • Kursinnehåll

  • Introduktion till farmaceutisk bioinformatik
  • Farmaceutisk bioinformatik - en kursöversikt
  • Representation av molekyler i en dator
  • Databaser inom farmaceutisk biovetenskap
  • Statistisk experimentell design
  • Beskrivning av molekyler med fysikaliska och kemiska deskriptorer.
  • Makromolekylära deskriptorer
  • Sekvensalignering inom bioinformatiken
  • Representation av 3D-strukturer
  • Metoder för dataanalys
  • QSAR och proteokemometri
  • Validering av modeller
  • Identifering av läkmedelsledsubstanser och deras optimering
  • Praktiska övningar

    • Instruktioner

    Kursen består audiovisuella presentationer, skriftligt material online samt nedladdningsbara material. Varje föreläsning åtföljs av övningar/uppgifter som rättas av läraren och som sedan ger individuell återkoppling till varje elev. Kommunikation mellan deltagare och lärare sker via en webbaserad undervisningsgplattform samt via e-post. Den webbaserade plattformen används också för gruppövningar och diskussioner. Kursdeltagarna har kontakt med lärarna under hela kursen och kan ställa frågor och få förtydliganden.

    Examination

    Skriftlig tentamen via webbplattformen sker efter det att de obligatoriska uppgifterna som ingår i kursen har genomförts.

    Kurslitteratur

    Introduction to Pharmaceutical Bioinformatics, Wikberg at al., 2018, Oakleaf Academic Publishing House. Boken kan beställas här.

    Övrigt material och programvara är tillgängliga för nedladdning under kursen som komplettering.

    Copyright © Pharmaceutical Bioinformatics (2020)